慈宁宫和它的"业主"们 第一位太后住进仁寿宫
嘉靖皇帝为太后建慈宁宫
自此之后，明代出现过若干次两位皇太后（即已故皇帝的原配皇后和现任皇帝的生母，类似慈禧、慈安的状况）或太皇太后与皇太后并存的局面，而所采取的居住指标分配基本上都遵循了上述原则。但这些都是临时性的，并没有形成规范化的条文。归根结底，还是老祖宗明成祖在规划紫禁城的时候没有营建太后宫殿区所致。
直到明世宗嘉靖年间，事情才最终得到解决。由于武宗正德皇帝没有皇子，自己又没有兄弟，所以继任皇位的人选只能从武宗的父亲孝宗的兄弟里面找。按照皇位继承的顺延制度，选定了兴王朱祐杬的儿子即小兴王朱厚熜。于是在正德十六年，朱厚熜继承大统，为嘉靖皇帝。这样，此时的皇宫中，出现了四位比较重要的女性，按照辈分排序分别是：世宗的祖母，即宪宗皇后邵氏，按辈分是太皇太后；世宗的伯母，即孝宗皇后张氏，按辈分是皇太后；再有就是世宗的嫂子，即武宗皇后夏氏，她是没有资格称皇太后的，只能是“皇嫂”。
邵太后于嘉靖元年便薨逝。这样四位女性还剩下三位，而具备皇太后身份的只有两位。偏巧这两位皇太后不对付。张太后处处给世宗皇帝找麻烦，这些做法也让世宗生母非常恼怒。为了避免不必要的冲突，世宗还是为她们两位各分配了一套住房指标，分配方法依旧按照老规矩，生母住在西边的仁寿宫，而张太后则住到了东边的太子东宫。
也正是这时候，“慈宁宫”这个名字出现在了我们视野之中。嘉靖四年，仁寿宫发生了一场火灾。而世宗正好借着这个由头，在嘉靖十五年对这片宫殿建筑进行了比较大的改建。而且还拆除了影响新规划的大善殿。而这座新建成的宫殿群，也就成了世宗生母生活起居之所。当然，这期间紫禁城东半部也没闲着。毕竟此时嘉靖皇帝已经有了自己的皇子，为这位未来的太子预留东宫就成了一件必须考虑的事情。总不能让张太后一直住在太子的东宫啊。所以世宗决定在东宫北面的地区再修建一座宫殿区，这就是今天故宫的珍宝馆一带。不过当时这座宫殿被命名为慈庆宫。所以在紫禁城内，就形成了西有慈宁宫，东有慈庆宫的建筑格局。
新宫殿落成之后，世宗制定了一个规定，那就是从今往后西面的慈宁宫为太后专用宫殿区，而东面的慈庆宫则专门为太皇太后使用。至此明朝终于确定了太后和太皇太后住房分配指标办法。